Las innovaciones que Transantiago traerá para la ciudad hacen necesario que su implementación se realice en etapas que gradualmente irán modificando el sistema para que definitivamente a partir de febrero 2007 operen los nuevos recorridos con la tarifa integrada.

Fases de implementación de Transantiago

Debido a la complejidad y envergadura del plan, Transantiago esta siendo implementado en dos etapas, entre octubre de 2005 y febrero 2007.

Etapa 1 (fase 1 y 2) 22 de octubre 2005
Es la denominada Fase de Transición, en la cual comienza a operar el transporte público a través de concesionarias, lo que garantiza un mejor trato a los usuarios y un nuevo régimen laboral para los conductores. Es decir, comenzó a regir la llamada empresarización del transporte, y se incorporaron paulatinamente más de mil buses nuevos de alto estándar a las flotas actuales. En tanto, los recorridos de los buses y las tarifas se mantuvieron, circulando buses de distintos colores junto a los amarillos.

Etapa 2 o fase 3 de Régimen (febrero 2007)
Desde febrero 2007, comenzará a regir a la nueva malla de recorridos, la tarjeta Multivía será el único medio de pago, entrará en funcionamiento el uso de los servicios troncales y locales y comenzará a operar también la integración tarifaria entre los distintos medios de transporte.

El Administrador Financiero de Transantiago (AFT), junto con comercializar y administrar la tarjeta Multivía, será el encargado de reunir el dinero que se recaude y repartirlo entre las sociedades concesionarias que estén operando.

Por su parte, el Sistema de Información y Atención al Usuario (SIAUT) entregará toda la información necesaria para conocer en detalle el funcionamiento de Transantiago.

Las transformaciones y el impacto urbano de Transantiago en la ciudad determinaron que su implementación se desarrollara en etapas y que cada una de ellas estuviera identificada con hitos o tareas que se debían cumplir.