Debido a la complejidad y envergadura del plan, Transantiago esta siendo implementado en dos etapas, entre octubre de 2005 y febrero de 2007.

Fase 1.
Octubre 2005
Es la llamada Fase de Transición; El transporte público, comenzó a operar junto al sistema antiguo, a través de concesionarias que transformaron a los choferes en conductores profesionales sujetos a un nuevo y positivo sistema laboral, lo que garantizó un mejor trato a los usuarios. En este período se estableció una empresarización del transporte, incorporando, más de mil buses nuevos de alto estándar a las flotas ya existentes. En tanto, los recorridos y tarifas se mantuvieron.

Fase 2.
Octubre de 2006
El Sistema de Información y Atención a Usuarios de Transantiago (SIAUT) entra en operación. El SIAUT proporcionará información a los usuarios sobre los horarios, funcionamiento, tarifas, recorridos, frecuencias entre otros, de los buses que transitarán por las vías de la capital. Los usuarios podrán también realizar sus consultas y sugerencias a un área de atención directa al cliente con que contará el sistema.

Enero de 2007
Comenzará la etapa de marcha blanca, incorporando a la operación la tarjeta Multivía como medio de pago en la locomoción colectiva. Asimismo, comenzará la integración tarifaria.
Por su parte, el Administrador Financiero de Transantiago será el encargado de recolectar el dinero que se recaude y repartirlo entre los operadores. Además, es el responsable de comercializar y administrar la tarjeta Multivía.

10 de febrero de 2007
Comienza la etapa de Régimen, donde los servicios Operarán sobre la Red Troncal y Áreas Alimentadoras, además estará en funcionamiento la tecnología sin contacto (Multivía) como principal medio de acceso del transporte público de Santiago y la integración tarifaría entre buses y Metro.